El Gimnasio de Los Cerros fue fundado en 1964.
Don Gonzalo Alemani, Vicario Regional del Opus Dei en Colombia, regresó al país en los primeros días de agosto luego de una reunión con San Josemaría. De inmediato, citó a los profesionales Fernando Escallón Azcuénaga (economista), Álvaro Linares Flórez (arquitecto), Ricardo Vargas Acosta (industrial y ganadero), Francisco Casas Manrique (abogado), Gabriel Largacha Manrique (arquitecto), Arturo Moreno Mejía (ingeniero), Eduardo Moreno Mejía (ingeniero), Ignacio Restrepo Posada (ingeniero), Carlos Mario Londoño Mejía (abogado) y Sven Zethelius Peñaloza (ingeniero), para darles a conocer un deseo e iniciativa de San Josemaría: "sería bueno que los padres de familia fundaran y promovieran colegios que permitieran la educación cristiana de sus hijos".
El primer rector de Cerros, el doctor Gabriel Carreño Mallarino, quien aceptó el nombramiento. Renunció a la Magistratura en el Consejo de Estado para dedicarse a esta tarea, animado por su esposa, doña Blanquita Sinisterra, quien le dijo que podría hacer mucho más bien al aceptar la rectoría, pues desde allí podría formar a los futuros magistrados del país.
Inició en una finca de la Sabana, sobre la carretera Central del Norte de Bogotá que conduce a Chía, llamada La Gloria. Unos años después, el colegio se trasladó a los terrenos donde hoy queda el Gimnasio Iragua. Allí permaneció poco tiempo, para trasladarse, posteriormente, a su sede actual en la falda de los cerros orientarles de la ciudad, en la localidad de Usaquén, muy cerca a la reserva forestal del Acueducto de Bogotá, donde los alumnos realizan expediciones y caminatas que contribuyen a su formación física e intelectual en relación con la naturaleza.
Su sede actual, que fue comprada al colegio Mary Mount, tiene el edificio principal que, hoy en día, es considerado patrimonio arquitectónico de Bogotá. Además, cuenta con edificaciones en medio de un campus dentro de la ciudad que lo hace único por su condición topográfica y el verde que rodea a todas sus instalaciones deportivas.
El Gimnasio de Los Cerros, hoy en día, se caracteriza por una excelente calificación académica dentro de las Pruebas Saber, que ha sido consistente a través del tiempo. Su nivel de internacionalización y sus instalaciones académicas apropiadas para las metodologías de aprendizaje, donde la educación diferenciada y personalizada constituyen el eje de su quehacer pedagógico con el que se forman hombres de bien, con fundamentos cristianos que se cultivan con los valores propios de respeto y solidaridad, fomentan su espíritu de liderazgo basado en servicio a los demás, aspecto que caracteriza a la generalidad de los egresados de la institución.
Hacia el futuro, el Gimnasio de Los Cerros seguirá siendo fiel al legado de sus fundadores, aportando a la sociedad “hombres felices que sepan servir y amar a los demás”